菏泽市中医医院始建于 1975 年，1979 年正式开诊，1996 年被国家中医药管理局评为三级甲等中医医院，2013 年顺利通过三级甲等中医医院复审。2014 年被国家发改委、国家卫生计生委、国家中医药管理局批准为全国首批中医住院医师规范化培训基地、首批中医类别全科医生规范化培养基地（临床培养基地），是山东中医药大学、山东中医药高等专科学校、菏泽医学高等专科学校、菏泽家政学院、曲阜中医药学校的教学医院，集医疗、教学、科研、预防、康复、急救功能于一体，起着全市中医药事业的龙头带动作用。
医院重视专科专病建设，形成了国家级、省级、市级多层次的重点专科建设总格局。现有国家级重点专科建设单位 3 个，省级重点专科建设单位 4 个，市级重点专科 13 个。其中，儿科为国家临床重点专科 (中医专业) 建设单位；内分泌科、儿科为国家中医药管理局「十二五」重点专科建设单位；心血管科、脑病科、骨伤科、推拿科为山东省第四批重点中医专科建设单位。在重点专科的辐射、示范、带头作用下，各科室均深入开展了中医优势病种临床研究、中医临床路径管理、单病种质量管理控制工作，不断规范临床诊疗行为，医疗质量和医疗安全水平得到了进一步提升。2012 年 1 月，医院被国家中医药管理局批准为中医药防治传染病临床基地建设单位。自 2013 年 5 月份开始，医院承担了国家中管局「中医药预防保健及康复服务能力建设项目」，提高了菏泽预防保健服务水平。在此基础上，又被遴选为 2014 年中医「治未病」服务能力项目建设单位。医院以国家中医药重点项目建设为契机，完善中医诊疗服务，发挥中医药特色优势，使更多患者享受到了「简、便、验、廉」的中医药特色服务。
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