深圳大学于2008年12月获教育部批准，开设临床医学专业，同年成立深圳大学医学院，是深圳市本土第一家医学院校。中国工程院钟南山院士为医学院名誉院长。
2013年4月，为进一步整合学科资源，优化学科布局，推动深圳大学医学学科的快速发展，学校组建了深圳大学医学部。学部下设基础医学院、生物医学工程学院、药学院、护理学院、口腔医学院、公共卫生学院、国医学院（筹）、医学中心、医学人文中心等部门。国家基金委创新群体首席科学家，国家杰出青年基金获得者，基金委重大及重点项目负责人，多项国家863、973计划负责人朱卫国教授担任医学部主任。柴金龙同志担任医学部党委书记。
医学部的办学定位与总体目标是立足深圳，依托粤港澳大湾区医疗卫生事业发展，面向国际，以改革和创新的精神，培养高素质复合型医学人才，为建设国际一流医学院校而努力奋斗。到2025年，争取建成国内领先、国际知名，医、教、研、产业化一体化发展的医学院校，为深圳建设成为中国特色社会主义先行示范区和“健康中国”深圳样板提供强有力支撑。
学部现有教职工521人，其中全职教研人员241人（、教授37人、副教授30人、高级讲师1人、助理教授/讲师91人、见习讲师7人，特聘研究员1人、研究员4人、副研究员51人），博士后109人。教研人员中大部分具有海外留学或工作经历，博士学历者占95%。高层次人才团队包括国内外院士4人，诺贝尔奖获得者1人；基金委创新群体首席科学家1人，国家自然科学“杰出青年基金”获得者4人、“优秀青年基金”获得者3人，教育部教育部新世纪优秀人才计划入选者2人，国家级“百千万人才工程”培养对象1人、国家级教学成果奖获得者1人、国家级有突出贡献中青年专家3人，享受国务院特殊津贴者4人、国家重大研发计划首席科学家4人、“何梁何利奖”获得者1人；广东特支计划百千万工程青年拔尖人才1人，广东特支计划科技创新青年拔尖人才1人，广东省珠江青年学者1人，珠江人才计划青年拔尖人才4人；“鹏城学者”、讲座教授1人；深圳市高层次专业人才杰出人才1人、深圳市高层次专业人才国家级8人、地方级16人、后备级61人；深圳市海外高层次人才B类23人、C类77人。
