厦门市儿童医院(复旦大学附属儿科医院厦门医院）于2014年6月1日开业，在复旦大学附属儿科医院的引领下，目前已开放编制床位500张，开设新生儿医学、儿童重症医学等41个临床医技科室，完成内外科二级分科（内科有呼吸、消化等13个二级专业，外科有新生儿外科、心血管外科等7个二级专业），成为闽西南第一家达到国际新生儿救治评价体系的最高等级标准三级C。获批厦门市新生儿质量控制中心、厦门市新生儿疾病重点实验室、厦门市新生儿先天性心脏病筛查管理单位、厦门市早产儿救治优势亚专科建设单位、厦门市新生儿危重症救治重点专科、国家卫健委出生缺陷定点救治单位、全国儿童恶性肿瘤（实体肿瘤）诊疗协作组牵头单位、罕见病诊疗协作网医院、新生儿神经重症医学专项技术教学培训基地等。
医院与上海总院实行品牌、管理和技术的平移。医院设黄国英名医工作室、周文浩名医工作室、郑珊名医工作室，和曹云、董岿然、黄瑛三位特聘主任，以及33位相关专业学科带头人担任的学术主任，各项高难度业务相继开展，已接受厦门市及周边地区46家医院转诊危重症患儿万余名，已累计提供300余万人次的门急诊服务和10余万人次的住院服务，成为福建省有重要影响力的儿童专科医院。
艾力彼医院管理研究中心发布《2020年中国医院竞争力报告》中，我院排名34名，再次进入“2020年全国儿童医院50强”并位居福建儿科类（儿童专科医院、妇幼保健院儿科）首位。
2019年8月，厦门市卫健委与复旦大学附属儿科医院签订第二轮（2019年-2025年）托管协议，以建设国家区域医疗中心为战略目标。2021年6月医院获批第二批国家儿童区域医疗中心试点项目单位。
2022年1月8日，建筑面积为26699平米的国家儿童区域医疗中心重要配套项目—科研教学楼正式开工建设，预计2024年初竣工。
