上海市肿瘤研究所（以下简称“肿瘤所”）成立于1958年。1980年被确认为世界卫生组织癌症预防与控制合作中心。1985年经国家批准建立癌基因及相关基因国家重点实验室，1987年通过验收并对外开放。2003年与上海交通大学共建上海交通大学肿瘤研究所。2010年与仁济医院实现院所合一。2019年上海市肿瘤研究所正式转隶上海市教育委员会主管，由上海交通大学医学院附属仁济医院负责直接管理。
肿瘤所由三个园区组成，本部位于徐汇区斜土路，另有两个园区分别在浦东仁济医院东院和上海交大闵行校区。肿瘤所下属的癌基因及相关基因国家重点实验室（以下简称“实验室”）是国家级肿瘤研究重点基地，目前由上海交通大学医学院院长陈国强院士担任实验室主任，王红阳院士任学委会主任，现有课题组100余个。肿瘤所以国家重点实验室为依托，力推人才强所战略，先后研究出台了《青年人才引育激励计划》、《出国访学资助计划》等人才扶持计划，吸引了一大批国内外高层次人才和优秀青年来所发展，近年来先后有17人次入选国家和上海市各类人才计划，其中包括国家杰青、国家优青、上海市领军人才、上海市学科带头人、上海市启明星、上海市晨光计划等重点人才计划。
作为国家重点科研基地，肿瘤所拥有良好的科研平台和配套设施，在仁济东院新启用的科研楼建有高水平的大型仪器共享平台，其中包括中心实验平台、GMP细胞技术平台、生物资源中心、单细胞测序平台、质谱平台、流式平台和实验动物中心等，为开展医学研究提供一流的技术支撑和服务。
在优秀人才和良好平台资源的支撑下，肿瘤所科研创新能力持续增强，取得了一批基础研究和转化研究重大成果。2019年全所科研论文均篇影响因子达到7.32分，并有论文首次登上了《Nature》正刊，实现了新突破。CAR-T细胞治疗实体瘤研究成效显著，已获中国NMPA、美国FDA、加拿大卫生部等 5 项注册临床研究许可，整体水平国际领先。
