医院始建于1983年，是南通市唯一一家集医教研及预防保健为一体的高水平三级甲等妇幼保健医院。2014年成为复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院紧密型技术协作医院。2015年医院增挂南通市儿童医院牌子。2016年成立南通市遗传与生殖医学研究所。
医院坐落于南通市新城区，毗邻南通市行政中心。医院占地面积68786平方米，总编制床位1090张。现有职工1100余名，拥有研究生学历242名，高级职称人员287名，包括享受国务院政府特殊津贴专家、省特聘医学专家、省“双创博士”、省妇幼健康重点人才培养对象及省“333”、市“226”重点人才、硕士生导师、南通大学兼职教授以及担任省市医学专业委员会主任委员、副主任委员共百余名。
医院科室设置齐全，学科发展迅速。现设有27个临床保健医技一级科室及19个住院病区。拥有国家级首批特色建设单位2个，30余个省、市级重点学（专）科。是国家级首批婴幼儿照护中心规范基地、国家级妇产介入标准化培训基地、江苏省新生儿疾病筛查南通分中心、江苏省产前诊断筛查南通分中心、江苏省首批产后康复培训基地、江苏省首批儿童早期发展基地、江苏省首批新生儿保健特色专科建设单位、江苏省新生儿危急重症救治中心、南通市孕产妇危急重症救治中心、南通市母婴专科护士培训基地、南通市助产专科护士培训基地、南通市儿童危重症专科护士培训基地。
近年来，医院先后获得国家级爱婴医院、“江苏省文明单位”、“江苏省五一劳动奖状”“江苏省平安示范医院”“江苏省巾帼建功先进集体”“江苏省母婴友好医院”“江苏省母婴安全优质服务示范单位”“江苏省卫生健康系统先进集体”“江苏省健康促进医院”“中国医疗机构互联网品牌影响力江苏省医疗机构二十强”等省级以上荣誉。连续六年蝉联“江苏省文明单位”，连续四年在国家公立医院绩效考核中排名位列全国妇产类医院第一方阵。
医院正积极适应高质量发展新常态，抢抓高质量发展新机遇，竭力打造省内领先、国内知名、国际接轨的高水平三级甲等妇幼保健院和长三角北翼区域性妇女儿童健康中心。
