南京紫金医院由第二军医大学南京军医学院脑血管病研究治疗中心(1987)发展而来，1993年经南京市卫生局批准更名为“南京紫金医院”，历经35年发展，现为三级康复医院。是南京市首家三级康复医院，也是江苏省首家三级民营康复医院。医院系非营利性医疗机构，于2002年被纳入南京市医保定点单位，是南京市首批纳入医保的民营医院之一。医院在脑复苏、脊髓损伤和各种缺血缺氧引起的疾病治疗方面积累了丰富经验。
目前，医院在南京市秦淮区、江宁区各设一个院区，工作人员400余人，中、高级职称人员占比20%以上。医院设计床位300余张，设有两个重症监护室合计近30张床位。拥有两台大型多人高压氧舱和5台单人氧舱，及高压氧舱内气动耐压呼吸机为主的舱内急危重症救治系统，累计治疗近百万人次，主要救治因脑外伤、脑出血、脑梗死、缺血缺氧性脑病、脑炎、CO中毒、脊髓损伤等引起的意识障碍和神经功能障碍等疾病患者。
医院主要从事重症康复治疗及相关研究工作，经批准已设立重症医学科、康复医学科等多个学科，其中康复医学科下设神经康复科、脊髓损伤康复科、骨与关节康复科、心肺康复科、儿童康复科、老年康复科等。康复医学科连续被评为南京市医学重点专科。
医院建院35年来共收治“持续性植物状态”患者5000余例。大量典型病例被中央电视台、《科技日报》、《健康报》《侨报》、江苏卫视、新华报业等国内外200余家新闻单位先后作了专题报道。南京紫金医院坚持将学术研究放在发展的关键位置，于1996年首次组织国内专家制订了中国·南京持续植物状态诊断评分量表，后多次发起修订，使该评分标准被广泛应用于植物状态患者的临床治疗。
南京紫金医院现为国家自然科学基金重点国际合作项目《关于意识障碍临床证据的后部皮层意识相关性研究》临床基地；是浙一附院军工项目《基于现在和未来战争不同伤情的神经损伤康复策略研究》协作单位；更是多家医学高等院校的实习基地。医院多次承办全国性脑复苏与康复高峰论坛、高压氧医学学术会议，参与编写出版了《昏迷与植物状态诊断治疗学》等多部专著。
南京紫金医院与南京脑科医院、南医大附属逸夫医院等医疗机构组成医联体，方便患者双向转诊。
南京紫金医院始终秉承“精诚至善 仁心致远”的院训，以“探索生命未知 重建人生彩虹”为使命，不断砥砺前行。
