北京协和医学院成立于1917年，被誉为中国现代医学教育的摇篮。这里首开中国八年制医学教育的先河，最早建立我国高等护理教育、住院医师培养制度，并进行了中国最早的公共卫生实践。中国医学科学院成立于1956年，在1957年，中国医学科学院与北京协和医学院实行院校合一的管理体制（简称院校），合力承担起中国医学教育与研究的重任，为我国医学卫生健康事业的发展做出了重要贡献。
目前，院校拥有19家研究机构、6家医院、9个学院。拥有国家级科研基地平台24个，包括国家级重点实验室6个、国家临床医学研究中心5个、其他国家级科研基地13个，数量居国内医学院校首位；开放型国家医学科技创新体系建设初具规模，与国内兄弟单位合作建立院外研究院2个、研究基地1个，创新单元95个。数量众多、分布广泛的重点科研基地为高水平科学研究提供了广阔的学术交流平台和有力的学术保障。
