昆山市中医医院于 1985 年 1 月独立建院，2019年获批成立江苏省中医临床研究院昆山分院，是一家集医疗、教学、科研、康复、预防、保健为一体的现代化三级甲等中医医院。2022 年 11 月 26日，医院顺利搬迁至新址西部医疗中心，新院区占地约 200 亩，建筑面积 31.5 万平方米，床位 2,000 张。新院整体建筑借鉴江南园林设计理念，为患者提供「智能、高效、方便、快捷、温馨」的医疗服务。
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医院于 2002 年开设产科，逐步形成由门诊、病房、临产室、高危监护室、产后盆底康复室等组成的系统专科。
昆山郑氏妇科起源于南宋时期，是国内罕见传承完好的世医，绵延至今 800 余年。
昆山市中医院骨伤科成立于 1985 年，由吴门医派昆山闵氏伤科第 4 代传人闵华主任和首届「昆山名医」、昆山骨科创始人石庭芬主任共同创办，是昆山市最早成立病区的骨伤科。
医院急诊医学科成立于 2006 年，是江苏省中医重点专科，先后成功创建了胸痛中心、创伤救治中心、卒中中心、危重孕产妇救治中心、危重新生儿救治中心。2021 成为国家中医急诊与重症医学区域诊疗中心。
泌尿外科于 1997 年成立，科室不断发展壮大，是苏州市中医重点专科，华东结石病防治基地昆山分中心，江苏省男科联盟单位，长三角泌尿专科联盟。
脾胃肝胆科创建于 1986 年，当时开设有消化专科门诊，乙状结肠镜、直肠镜检查室，形成了脾胃肝胆科的雏形。
肾病科于 2013 年和上海交通大学医学院附属瑞金医院肾内科全面合作，移植先进医疗理念，飞速发展。
肿瘤科成立于 2005 年，是集中医、放疗、化疗、分子靶向及生物免疫等于一体的综合治疗肿瘤的科室。
医院重症医学科成立于 1999 年 5 月，是医院集中监护和救治重症患者的专业科室。
