2001 年，厦门市心脏中心成立；2011 年，作为公立医院改革试点单位，相对独立，财务、人事完全独立运作；2014 年，全面独立，成为福建省的公立三级心血管病专科医院，择址五缘湾畔建设新址；2016 年，正式更名为「厦门大学附属心血管病医院」，「厦门市心脏中心」为第二名称；
2019 年 6 月，医院整体搬迁至五缘湾新址，建筑面积 8.6 万平方米，规划床位 600 张，新址设计上全面汲取国际前沿理念，所有的硬件软件均对标国际一流标准，打造一所先进性与人性化兼顾的现代化心血管病专科医院。新起点，新征程，全体「厦心人」将在更广阔的舞台上，齐心协力朝着将医院建成「海西一流、国内先进、与国际接轨」的国家重点大学研究型附属医院拼搏奋进。
厦门大学医学院心血管病研究所是新成立的研究机构，下设 6 个研究室和 2 个技术支撑平台。
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